В январе 1676 года умирает царь Алексей Михайлович. Тётка нового царя, царевна Татьяна Михайловна, почитательница патриарха Никона, в 1679 году привозит молодого государя Фёдора Алексеевича в Новый Иерусалим. Он «вельми удивися, яко здание таковое пречудесное оставлено в презрении великом», и повелел возобновить работы.
Никон получил разрешение вернуться. Однако в пути под Ярославлем 17 августа 1681 года он умирает. Согласно завещанию его хоронят в Воскресенском соборе под Голгофской церковью в предназначенном для этого приделе Усекновения главы Иоанна Предтечи. В 2013 году гробница патриарха была вскрыта археологами. Пустой саркофаг свидетельствовал о том, что гробница ранее подверглась разграблению.
Заботы о завершении строительства собора царевна Татьяна Михайловна взяла на себя. Во главе трудов праведных встали помощник Никона, Сергей Турчанинов, и стряпчий Лихачёв, а на завершающем этапе (1686—1698) — архимандрит Никанор, которому суждено было завершить работы по убранству Воскресенского собора и созданию архитектурного ансамбля обители.
В монастырь вновь стали поступать значительные денежные вклады, возвратились и опытные мастера. В 1683—1684 годах в Посольский приказ вызвали датчан и шведов. После длительного перерыва удалось свести центральный купол крестовой части и каменный шатёр ротонды. К этому времени была достроена Подземная церковь, интерьеры храма украсили изразцами, в их изготовлении принимали участие умельцы-ремесленники из Копыси, Мстиславля, Орши, Шклова, Витебска, Полоцка, Вильно. Мастера привезли с собой секреты изготовления эмалей (непрозрачных глазурей), позволявшие получать четыре цвета: белый, жёлтый, бирюзово-зелёный и синий, что придало интерьерам собора особую красоту.